Molekulare Detektivarbeit: Der aviären Influenza mittels Next Generation Sequencing (NGS) auf der Spur

Seit 2018 wird am LVI Braunschweig/Hannover Next Generation Sequencing (NGS) durchgeführt. In der Influenzasaison der Jahre 2021 und 2022 wurde die NGS des aviären Influenzavirus (AIV) aus Feldproben etabliert. Seitdem werden Proben von Ausbrüchen des hochpathogenen aviären Influenzavirus (HPAIV) im Wirtschaftsgeflügel und im Wildvogel routinemäßig mittels NGS-Methodik analysiert.

Die Sequenzierung dient dazu die spezifische Abfolge der einzelnen Bausteine (Basen) der Viren-Erbinformation zu „lesen“ und für weitere Analysen zu nutzen. Die im Virus als einzelsträngige Ribonukleinsäure (ssRNA) vorliegende Erbinformation muss zunächst in ein lesbares Format „umgeschrieben“ werden. Die so erhaltene Desoxyribonukleinsäure (DNA) wird mittels NGS sequenziert. Nach einer komplexen Auswertung kann der betreffende Virus-Stamm identifiziert und die Genome der Viren gegeneinander abgeglichen werden. Anhand von vorhandenen Unterschieden können die Viren in eine verwandtschaftliche Beziehung zueinander gesetzt werden. Insgesamt wurden bis Ende 2022 440 Proben aus 26 Beständen und einer Wildvogelkolonie bis Ende 2022 mittels NGS untersucht.

Die routinemäßige Sequenzierung der AI-Viren in Ausbruchsbeständen hat dem LAVES einen hervorragenden Überblick über zirkulierende Varianten des HPAIV-Subtypes H5N1 beschert. Die Ergebnisse liefern Hinweise auf Übertragung des Virus zwischen Wildvögeln und gehaltenen Tieren sowie zwischen Geflügelbeständen. Hochinteressant ist auch die Identifikation genetisch unterschiedlicher AIV-Linien in einem Bestand.