„Next Generation Sequencing“ (NGS, deutsch: Sequenzierung der nächsten Generation) wird genutzt, um eine sehr große Anzahl von Genomfragmenten parallel zu sequenzieren und somit die vererbbaren Informationen einer Zelle oder eines Virus‘ entschlüsseln zu können. Die Daten können beispielsweise genutzt werden, um verbesserte Aussagen zur Herkunft von Bakterien in Lebensmitteln treffen zu können, die zu Krankheitsausbrüchen geführt haben. Das Lebensmittel- und Veterinärinstitut (LVI) Braunschweig/Hannover nutzt am Standort Braunschweig seit 2018 die NGS-Methode zur Sequenzierung von Bakterienisolaten aus Lebensmitteln und der Produktionsumgebung von Lebensmittelunternehmen. Auch die Sequenzierung von Corona-Viren erfolgt mit dieser Methode. Außerdem wurden Proben von Ausbrüchen des hochpathogenen aviären Influenzavirus (HPAIV) im Wirtschaftsgeflügel und im Wildvogel routinemäßig mittels NGS-Methodik analysiert.