In niedersächsischen Binnengewässern gibt es immer weniger Fischsterbenvorfälle. Das belegt die Fischsterbenstatistik, die das Dezernat Binnenfischerei des Niedersächsischen Landesamtes für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (LAVES) seit Ende der 80er Jahre erstellt. Seit Beginn der Auswertungen ist ein rückläufiger Trend bei Fischsterbenvorfällen zu beobachten. So gab es 1989 noch 68 Meldungen zu Fischsterben, 2008 mussten nur noch 34 Meldungen verzeichnet werden. Unter anderem ist dies einer verbesserten Gewässerqualität zu verdanken. Die Fischsterbenstatistik zeigt zudem, dass Vorfälle durch industrielle oder kommunale Abwässer aufgrund von strengerer Reglementierung, verbesserter Kläranlagen und Abwasser-Technologie kaum noch vorkommen.

Dass bis 2015 alle Gewässer den "guten ökologischen Zustand" erreichen, ist erklärtes Ziel der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie. Das Dezernat Binnenfischerei bewertet daher gegenwärtig den Zustand der niedersächsischen Fließgewässer in Hinsicht auf die vorhandene Fischfauna. Etwa 15% der Flüsse und Kanäle erreichen dabei den guten oder sogar sehr guten ökologischen Zustand. Bisher hat das LAVES-Dezernat rund drei Viertel der Fließgewässer beurteilt. Bewertungskriterien bildeten verschiedene Aspekte der Artengemeinschaft, der Altersklassen der Fische und der Bestandsdichte. Die Fließgewässer in den Regionen Lüneburger Heide und Stader Geest, Elbtalniederung, Harz, Weser- und Leinebergland erzielten insgesamt bessere Bewertungen als andere Gebiete. Begünstigend wirkt dabei, dass die Fließgewässer hier morphologisch weniger stark verändert sind als in anderen Regionen. Dennoch sind weitere Verbesserungen nötig, bis das EU-Ziel erreicht werden kann. In Hinsicht auf die vorhandene Fischfauna weisen 31,7% der Fließgewässer nur einen mäßigen ökologischen Zustand auf, 45,2% einen unbefriedigenden und 7,2% einen schlechten Zustand.